Во-первых, "де-факто штаб-квартиру мы захватили насильственным методом" не то же самое, что "комнату де-факто захватили насильственным методом". Согласен, что обилие тире не красит предложение, но такая замена неверна. В оригинале была "де-факто штаб-квартира", а в замене - "де-факто захватили". Разные вещи.
Во-вторых, о "в три года назад". Некоторая корявость речи здесь специально. Не надо её отменять. По-крайней мере, в английском было "to three years ago", что столь же коряво, так что, полагаю, это авторская задумка. Кён и Асахина - это вам не Нагато с её гиперпространственными заворотами, их речь не должна быть математически точной и стилистически безупречной.