Раньше я много читал. Когда в начальной школе я плохо учился, мама приносила из библиотеки книги, которые нравятся детям, и зачитывала мне. 

Кён сам читал книги, или мама ему читала?

 - Не могу сказать, из какого я времени, какой временнОй плоскости. Даже если хочу сказать, все равно не могу. Рассказывать о будущем людям из прошлого строжайше запрещено, перед перемещением во времени мне пришлось пройти обязательную обработку сознания, чтобы я не могла разгласить никаких сведений. Даже если я попробую сказать что-нибудь важное, там будет автоматический блок. Асахина продолжила: - Время - это не что-то, что просто тянется вперед, как течение реки, время поделено на части – плоскости, и плоскости накладываются друг на друга, образуя целое. Я уже ничего не понимаю. - Ммм, да? Тогда вот что. Представь себе мультфильм. Нам кажется, что персонажи двигаются, а на самом деле это просто множество неподвижных картинок. То же самое и со временем, только в цифровом виде. Но примеры с картинками, наверное, понятней. - Между одним временем и другим есть разрывы. Хотя их длительность и близка к нулю, они существуют, поэтому между одним временем и другим, в сущности, нет связи. - Перемещение во времени - это трехмерное движение во множестве наложенных друг на друга временных плоскостей. Я, прилетевшая из будущего, на временной плоскости этого времени - вроде лишней детали, пририсованной к картинке. - Так как время не непрерывно, даже если я попробую изменить в этом времени историю, это никак не отразится на будущем. Все закончится лишь в этой временной плоскости. Существуют сотни страниц, если листать их и написать что-то на одной, вся книга ведь не изменится? - Время не похоже на реку. Каждый момент временной плоскости - наложенные друг на друга цифровые образы. Ты меня понимаешь? 

Микуру же не сама с собой разговаривает?) Может следует объединить?

2. Что имеется в виду? Средняя школа?
Даже не знаю. В России "средняя школа" - устоявшееся сочетание, может вносить дополнительные непонятности. А вот со средними классами, мне кажется, все понятнее. Но поправлю.

3. Тоже несколько коряво, мне кажется. Я бы сказала "но вряд ли Судзумия-сан догадывается, насколько верно она собрала нас всех здесь".
В английском, кстати, несколько иначе сказано: They are similar to me, but Suzumiya-san is still unaware that she is the one who has gathered us to her side.
"Они похожи на меня, но Судзумия-сан до сих пор не догадывается, что именно она собрала нас здесь".
Интересно, это снова расхождения английского перевода с оригиналом?
А у Асахины вся речь в этой главе такая. Конкретно здесь употреблено слово "тикай" - близкий. Мне уже указывали на это, но я не стал ничего уточнять и оставил буквальный перевод. Смысл и его туманность сохраняется. "Близкий мне" тоже вполне может употребляться как аналог "похожий", но и не только.
Со вторым предложением сложнее, не могу поставить там акцент правильно. Нынешний перевод, конечно, неправильный, я поправлю, но и английский перевод меня не устраивает, хотя, возможно, он верен. Есть в книге пара-тройка абзацев, где я немного подзавис. Если есть мысли - я с удовольствием прислушаюсь.
あの人たちはわたしと極めて近い存在です。まさか涼宮さんがこれだけ的確に我々
を集めてしまうとは思わなかったけど
Проблема здесь с ремой, тематическим выделением "то-ва" и заключительным глаголом. Мой вариант, что это "омованакатта" Асахина говорит о себе.

4. А что имеется в виду под "аурой всеобщей пустоты"? Что за пустота и почему она всеобщая?
Поправил ближе к тексту, хотя с определительным словом смотрится стройнее.

5. Согласна с предыдущим комментатором насчет того, что слово "дальше" относится здесь непонятно к чему. Либо сказать, например, "находился вдали" или "поодаль", либо очень хочется уточнения, вроде "находился дальше от того места, где мы гуляли, у самого берега моря".
Честно говоря, все равно не вижу, что может быть непонятно, но поправил.

6. Слишком много определений, смотрится громоздко. Предлагаю: "Решив взглянуть, как там Нагато, я обнаружил, что она стоит рядом со шкафом, сплошь уставленным толстенными фолиантами, и читает нечто, что угрожало стать ее новой настольной книгой".
Поправил. …надо как-нибудь проверить, кстати еще этот отрывок, по-моему, я что-то там наизобретал про настольную книгу…

7. Мне кажется, "обезумеет" не очень хорошо звучит. Там именно так сказано? Не имеется ли в виду что-то вроде "сойдет с ума от ярости"?
Поправил на "выйдет из себя", помягче.

попадались отдыхающие целыми семьями

Немного коряво. Может, "попадались целые семьи отдыхающих"?

Судзумия-сан и ты, Кён-кун тогда были в средних классах.

Что имеется в виду? Средняя школа?

Я весьма близка с ними, но вряд ли Судзумия-сан даже думает, насколько верно она собрала нас всех здесь

Тоже несколько коряво, мне кажется. Я бы сказала "но вряд ли Судзумия-сан догадывается, насколько верно она собрала нас всех здесь".
В английском, кстати, несколько иначе сказано: They are similar to me, but Suzumiya-san is still unaware that she is the one who has gathered us to her side.
"Они похожи на меня, но Судзумия-сан до сих пор не догадывается, что именно она собрала нас здесь".
Интересно, это снова расхождения английского перевода с оригиналом?

Интересно, как отреагирует Харухи, если увидит, как мы возвращаемся, держась за руки? Обезумеет, наверное.

Мне кажется, "обезумеет" не очень хорошо звучит. Там именно так сказано? Не имеется ли в виду что-то вроде "сойдет с ума от ярости"?

В ауре всеобщей пустоты мы молча наматывали круги вокруг станции.

А что имеется в виду под "аурой всеобщей пустоты"? Что за пустота и почему она всеобщая?

Смысла бесцельно бродить по окрестностям не было, так что я повел Нагато в библиотеку. Главный корпус находился дальше, у самого берега моря.

Согласна с предыдущим комментатором насчет того, что слово "дальше" относится здесь непонятно к чему. Либо сказать, например, "находился вдали" или "поодаль", либо очень хочется уточнения, вроде "находился дальше от того места, где мы гуляли, у самого берега моря".

Решив взглянуть, как там Нагато, я обнаружил ее рядом со шкафом, сплошь уставленным толстенными фолиантами, и читающей что-то угрожающее стать ее новой настольной книгой

Слишком много определений, смотрится громоздко. Предлагаю: "Решив взглянуть, как там Нагато, я обнаружил, что она стоит рядом со шкафом, сплошь уставленным толстенными фолиантами, и читает нечто, что угрожало стать ее новой настольной книгой".

Приди мы сюда месяц назад, можно было бы полюбоваться на цветение вишни

Да, так лучше.

Мне бы следовало почесать затылок, так я был растерян, так я и поступил

"Мне бы следовало почесать затылок, настолько я был растерян. Так я и поступил. "

Дальше чего?

Дальше от Кёна и Нагато, разумеется. Оставляю, по-моему, понятно и запятой интонационно выделяется.

С остальным все понятно, согласен.

Небрежно держа руки на поясе, она совсем не такой недотрогой, как в своём обычном хмуром воплощении в классе.

Видимо, "она была совсем не той недотрогой".

к протекающей радом речке.

рядом

Приди мы сюда месяц назад, можно было бы полюбоваться на цветение вишни

ИМХО, конечно, но "цветение сакуры" уже чуть ли не устоявшееся словосочетание. Именно его я здесь и ожидал увидеть ^_^. Т.е. хоть и написано "вишни", я прочитал "сакуры".

Мне бы следовало почесать затылок, так я был растерян, так я и поступил

Может, "и так как я был …". Хотя всё-равно звучит не очень.

Хотя я всего лишь слегка задел мизинец, Асахина подскочила, будто ее током ударили, мгновенно отдернула руку и опять опустила голову.

Тут не ясно. Может "подскочила" и лучше описывает реакцию Асахины, но, сдаётся мне, она как сидела, так и продолжила сидеть.

- Нагато, я о нашем недавнем разговоре.

Лучше без "я".

Смысла бесцельно бродить по окрестностям не было, так что я повёл Нагато в библиотеку. Главный корпус находился дальше, у самого берега моря.

Дальше чего?

Довольный, что я наконец-то могу поехать домой, я вернулся к банку

Опять же, первое "я" лучше убрать.